Kasus pelanggaran HAM di Indonesia biasa dipicu oleh konflik antar ras, etnis atau agama seperti yang terjadi di Poso, Ambon dan Sampit. Ada juga konflik kepentingan antara warga dan perusahaan terkait sengketa tanah dan lahan. Contoh pelanggaran HAM yang lain adalah pembunuhan terhadap wartawan dan aktivis HAM seperti kasus Munir, kasus Marsinah dan kasus Salim Kancil.

1. Kasus aktivis HAM Munir Said Thalib

Munir ditemukan meninggal di dalam pesawat jurusan Jakarta-Amsterdam, pada 7 September 2004.Ia adalah salah satu aktivis HAM paling vokal di Indonesia. Namanya melambung sebagai seorang pejuang bagi orang-orang hilang yang diculik pada masa Orde Baru.

Hingga kini, kasus kematiannya baru mengadili pilot maskapai Garuda, Pollycarpus Budihari Priyanto yang mendapat vonis hukuman 14 tahun penjara karena terbukti berperan sebagai pelaku yang meracuni Munir dalam penerbangan. Namun banyak pihak yang meyakini, Polly bukan otak pembunuhan.Hingga kini belum ada titik temu mengenai kasus pembunuhan Munir ini.

2. Kasus Petrus tahun 1982-1985

Penembakan misterius (Petrus) adalah operasi clurit, operasi rahasia pada zaman Orde Baru dengan dalih mengatasi tingkat kejahatan yang tinggi.

Operasi ini meliputi penangkapan dan pembunuhan terhadap ratusan orang yang dianggap mengganggu keamanan dan ketentraman masyarakat. Pelakunya tak jelas, tak pernah tertangkap, dan tak pernah diadili.

3. Kasus Rawagede Pembantaian Rawagede merupakan pelanggaran HAM yang terjadi akibat penembakan dan pembunuhan penduduk kampung Rawagede yang sekarang dikenal sebagai Desa Balongsari, Rawamerta di Karawang. Pembantaian dilakukan oleh tentara Belanda tanggal 9 Desember 1945 bersamaan dengan Agresi Militer Belanda I. Akibatnya puluhan warga sipil terbunuh oleh tentara Belanda yang kebanyakan dibunuh tanpa alasan yang jelas.

4. Tragedi Semanggi dan Kerusuhan Mei 1998

Pada 13-15 Mei 1998, terjadi kerusuhan masif yang diawali oleh kondisi krisis finansial Asia yang makin memburuk. Serta dipicu oleh tewasnya empat mahasiswa Universitas Trisakti yang tertembak dalam demonstrasi pada 12 Mei 1998.

Meski Pengadilan Militer pada 1999 telah memutus Tim Mawar sebagai pelaku penembakan, namun belum diketahui siapa dalang di baliknya.-kantorhukumdvaandpartners.com